MTs Ibnu Husain didirikan pada tahun 2000 oleh KH. Syamsudin Husain dan Drs. HM. Jaelani. Pada pertama kali berdiri, sekolah yang berbasis Islam ini sudah memiliki Lab Bahasa yang belum dimiliki oleh sekolah lain di kawasan kecamatan Semampir. Dalam rintisannya, MTs Ibnu Husain bisa dibilang cukup spektakuler, makin tahun perkembangan dari sekolah ini cukup pesat. dari murid 28 pada saat pembukaannya, kini setelah 8 tahun berjalan sudah memiliki total murid 300 lebih dengan 9 lokal ditambah ruang lab. computer, Lab. bahasa dan Lab. broadcasting. Ruang perpusnyapun juga cukup memadai dengan kondisi yang nyaman. Fasilitas dimasing-masing kelas, selain memiliki fasilitas audio visual berupa TV 29 inci, juga telah dilengkapi AC. Beberapa prestasi yang dimiliki MTs Ibnu Husain adalah: keberhasilannya membuat dua film indie, penerbitan tabloid Elfikr, Juara futsal, juara Pencak silat, penghargaan dari Walhi (Wahana lingkungan hidup) Surabaya, olimpyade IPA dan beberapa penghargaan lainnya.